1. Nguyên nhân gây suy giảm các thảm cỏ biển

Do đặc điểm có tính đa dạng sinh học cao và phân bố ở vùng biển nông ven bờ cho nên ngày nay, trên toàn thế giới, các thảm cỏ biển ngày càng bị suy giảm hay mất đi do hậu quả của những xáo trộn ở vùng biển ven bờ mà nguyên nhân chính là do hoạt động của con người. Ở Việt nam, việc suy giảm các thảm cỏ biển xảy ra nhanh chóng trong những năm gần đây dưới áp lực của việc phát triển kinh tế xã hội và khai thác hải sản vùng ven biển. Rất ít thông tin được biết đến hiện nay về vấn đề này

5 năm gần đây (từ năm 1997) diện tích các thảm cỏ biển bị suy giảm hay mất đi khoảng 30% mà các nguyên nhân chính là do :

- Đào đắp ao nuôi trồng hải sản: người dân ven bờ đầm, vịnh đã đào đắp các thảm cỏ biển để làm ao nuôi tôm, cá.

- Khai thác đá san hô ven đầm, vịnh

- Khai thác các loại hải sản trong cỏ biển như: giáp xác (Tôm, Cua, Ghẹ), cá (cá Ngựa), các nguồn giống cá Mú, cá Dìa, cua bùn, các loài thân mềm (Sò, Ngao, Ốc  v..v..). Các hoạt động khai thác các loài hải sản kể trên diễn ra liên tục ngày đêm, đào xới thảm cỏ biển hoặc dùng lưới cào.

- Các tai biến thiên nhiên cũng là nguyên nhân gây chết hàng loạt cỏ biển, trong đó lũ lụt là nguyên nhân quan trọng. Việc suy giảm các thảm cỏ do các hoạt động công nghiệp và ô nhiểm biển còn ít thấy hoặc chưa được xác định rõ

Sự suy giảm hay biến mất nơi cư trú sinh vật trong đó có cỏ biển cùng với sự khai thác nguồn lợi thủy sản một cách quá mức đã dẫn đến sự cạn kiệt nguồn lợi vùng biển ven bờ. các loài dễ đánh bắt và có giá trị cao hầu như không còn nữa. Đa dạng sinh học giảm nhanh. Vì vậy vấn đề quản lý và bảo vệ các đồng cỏ biển cần thiết được đặt ra trước khi chúng bị mất đi để rồi việc trồng phục hồi là khá tốn kém và khó khăn.